Museum IPB menempati komplek gedung Landhuis di Kampus IPB Darmaga yang sebelumnya merupakan rumah tinggal keluarga GW Van Motman -pemilik perkebunan karet di Jawa Barat pada masa Hindia Belanda. Bangunan tersebut memiliki nilai sejarah yang tinggi bagi Indonesia, sehingga pada proses pembangunan museum IPB dilakukan revitalisasi tanpa mengubah desain maupun tata letak gedungnya. IPB sebagai lembaga pendidikan tinggi pertanian tertua di Indonesia telah mencatatkan riwayat kelahiran serta tumbuh kembangnya dalam seri Buku Sejarah IPB sebanyak 6 jilid. Proses penggalian informasi, konfirmasi, dan validasi hingga penyusunan buku sejarah tersebut dimulai sejak tahun 2013 hingga saat ini. Pencatatan sejarah kelahiran IPB dimulai dengan penelusuran dokumen dan arsip otentik yang dapat dipertanggung jawabkan hingga ke negeri Belanda.
Berangkat dari harapan agar sejarah IPB dapat menjadi pembelajaran bagi generasi penerus bangsa, IPB menginisiasi pembangunan Museum IPB melalui SK Rektor IPB No. 131 tahun 2022 tentang Pembentukan Tim Pendamping Konten Pelaksanaan Tata Pamer Museum Institut Pertanian Bogor. Museum IPB menjadi visualisasi dari buku sejarah yang telah disusun dengan memadukan sejarah masa lalu, masa kini dan masa depan IPB yang disajikan secara modern dan dinamis. Museum IPB yang diresmikan pada 12 Januari 2023 oleh Prof Dr Arif Satria, MSc, didirikan agar civitas akademika IPB maupun masyarakat luas dapat menikmati sejarah, perkembangan dan harapan IPB di masa depan, serta memperoleh pembelajaran dan nilai-nilai IPB untuk diwariskan kepada generasi selanjutnya.
